aktuální číslo archiv o telegrafu hledání

Stáž na University of York

V rámci ESF projektu PostDok2 jsem měla možnost působit ve Velké Británii na University of York po dobu tří měsíců (11. 9. – 11. 12. 2013). Zvolila jsem tuto lokaci vzhledem k typu výzkumu, který je zde realizován a který je v České republice ojedinělý.

Působí zde výzkumná skupina YCIL (York Computational Immunology Lab) zabývající se tzv. výpočetní imunologií. Jedná se o oblast, která se orientuje na modelování a simulace procesů odehrávající se jak na úrovni vrozené, tak na úrovni adaptivní imunity. Pomocí prostředků umělé nebo výpočetní inteligence, matematických metod nebo metod analýzy dat, je zkoumán velice komplexní systém, jehož složitost vyplývá zejména z obrovského počtu interagujících prvků, z množství vzájemných vazeb mezi nimi, a z jeho propojenosti s dalšími velmi komplexními systémy, zejména systémem endokrinním, nervovým, ale například i reprodukčním. Výzkumnou skupinu vede odborník, kterého je zbytečné představovat lidem, kteří se zabývají problematikou tzv. umělých imunitních systémů (Artificial Immune Systems) nebo tzv. rojové inteligence (Swarm Intelligence). Prof. Jon Timmis se zejména těmto dvěma oblastem intenzivně věnuje již několik let a své zkušenosti předává studentům, kolegům nebo široké veřejnosti profesionálním, přátelským a lidským přístupem. Měla jsem to potěšení být v roli jeho studentky a seznámit se za poměrně krátkou dobu s přístupy, které lze použít pro modelování „imunitních dějů“. Velice přínosná pro mě byla zprvu pravidelná individuální setkání, na kterých jsem kladla dotazy zejména směrem na ověřování kvality vyvíjených modelů, využitelnost tzv. multi-agentových systémů v modelování biologických systémů nebo imunologii. Od začátku semestru se konala pravidelná setkávání členů skupiny, kde jsem měla možnost poznat problémy, témata, která jednotliví členové řeší v rámci vědeckých projektů, diplomových nebo dizertačních prací. Smyslem těchto setkání bylo podělit se s ostatními o dosavadní zkušenosti, případné komplikace nebo nejasnosti spojené s řešením daného problému. Každé setkání bylo započato prezentací některého z členů skupiny, který v maximálním rozsahu dvaceti minut hovořil o svém tématu. Po skončení vystoupení se prezentované informace různě rozebíraly, připomínkovaly, sdělovala se doporučení nejen po stránce odborné, ale také po stránce formálního provedení prezentace. Následně bylo dáno slovo každému členu skupiny, který sdělil, co aktuálně řeší, jaké má úspěchy, neúspěchy, a jaké jsou jeho další kroky ve výzkumu. Co se týká řešených témat, tak jejich paleta je opravdu pestrá, zahrnující např.:

• modelování infekčního onemocnění zvané Viscerální Leishmaniáza, 
• modelování a simulace průběhu onemocnění způsobující úhyn nervových buněk Experimentální autoimunní Encefalomielytida, 
• využití multi-agentového přístupu pro modelování Peyerových plaků (plátů) nebo 
• modelování regulační sítě microRNA sehrávající důležitou úlohu při vývoji určitých onemocnění.

Stáž mi poskytla velmi cenné informace a znalosti, které bych na naší univerzitě, a troufám si říci, že i v České republice, obtížně získávala. Zároveň mi bylo zcela jasně naznačováno, že výzkum v oblasti výpočetní imunologie je velice náročný, což pro mě nebylo a není velkým překvapením. Obtížnost výzkumu je dána v první řadě složitostí, kterou se imunitní systém vyznačuje. Z tohoto důvodu je třeba dělat mnohá zjednodušení. Dále je zde otázka dat, která je vhodné použít při tvorbě a ověřování kvality modelu. Ne vždy lze data získat, protože může být problematické určité biologické parametry přímo měřit. Pokud data již k dispozici jsou, tak je vhodné mít při ruce nejlépe experimentálního imunologa, který Vám pomůže eliminovat nepřesnosti, které by mohly být do modelu zaneseny. Za dobu pobytu ve skupině YCIL jsem načerpala především teoretické, a z části praktické informace o tom, jakým způsobem se chopit modelování něčeho tak komplexního jako je imunitní systém.

Prostředí univerzity a město York na mě velmi pozitivně zapůsobily. Univerzitní kampus je dělen na část starší (východní) a část novější (západní). Dá se připodobnit k malému městečku, které má bezpochyby stimulační vliv, takže nebyl problém se v klidu věnovat výzkumu, navštěvovat zajímavé přednášky nebo semináře různých oborů, konzultovat s pedagogy, kolegy nebo přáteli při šálku kávy nebo anglického čaje (a to nejen o páté hodině odpolední).

 

Protože jsem ale také jen člověk, tak jsem si vyhradila pár víkendů pro poznávání života Velké Británie. Centrum Yorku je příjemným místem pro nasátí atmosféry staré Anglie, zejména v místech starších britských domů a velmi úzkých uliček. V této souvislosti si můj velký obdiv zaslouží řidiči místní hromadné dopravy, protože projet těmi úzkými uličkami bezpečně chce opravdu mnoho zkušeností, aby nedošlo k újmě. Nejužší uličkou je v centru Yorku The Shambles. Pokud to bylo možné, tak jsem spíš dávala přednost procházkám těmito staršími místy než moderními. Samo Vás to tak přenese do jiných časů a poskytne odpočinek od všech těch moderních technologií. Pokud se někdy do Yorku vydáte, určitě bych doporučila navštívit mj. National Railway Museum, kde můžete procházet v těsné blízkosti nádherných parních i elektrických strojů. Sama se ale velmi divím tomu, že vstup je zdarma. Na české poměry neslýchaná to informace. Dalším nádherným místem je samozřejmě katedrála The Minster. Pokud máte dosti energie a pevné zdraví, můžete vyjít 275 schodů a dostat se tak na vrchol katedrály The Tower, která je zároveň nejvýše položeným místem Yorku a nabízí, zejména při krásném počasí, opravdu nádherný panoramatický výhled na York a přilehlá místa.

Psát o Yorku, univerzitě a výzkumu by se dalo i dále, ale prostor je omezen. Závěrem bych touto cestou chtěla poděkovat mj. týmu lidí, kteří zajistili můj pobyt v zahraniční po stránce dopravy, ubytování, stravování, financí, a kolegům, kteří mě zpátky na fakultě velmi mile přivítali.

Martina Husáková

Stáž byla financována z projektu Rozvoj výzkumu a vývoje na Univerzitě Hradec Králové za účasti post-doktorandů, registrační číslo: CZ.1.07/2.3.00/30.0052.