Telegraf
čtrnáctideník ze života Fakulty informatiky a managementu
Hodně záleží, jak se vědec ke své práci staví
Jedním z oceněných studentů na společenském večeru Univerzity Hradec Králové pořádaném k uctění Dne boje za svobodu a demokracii byl i student doktorského studijního oboru Aplikovaná informatika na Fakultě informatiky a managementu UHK Mgr. et Mgr. Rafael Doležal, Ph.D.
Je vystudovaným učitelem chemie, magistrem teologie, doktorem v oboru farmacie, hovoří 5 cizími jazyky. Rektorem byl oceněn za svou publikační činnost v oboru informatiky. Doktor Doležal je autorem řady impaktovaných publikací a naposled získal cenu za nejlepší příspěvek na 7. mezinárodní konferenci o výpočetní kolektivní inteligenci v technologiích a aplikacích v Madridu.
“Úspěch, kterého na zmíněné konferenci Rafael oceněním Best Student Paper dosáhl, je založen na propojení kvalitní fundované teorie a praxe v podobě ověření na praktických problémech. To se moc často nevidí, zvláště v informatice, kde mají vědci často odpor k praktickému ověření, které ale nicméně jasně ověří správnost teoretického aparátu a předpokladů…”, říká docent Ondřej Krejcar, koordinátor pro vědeckou činnost na FIM UHK a dodává: “S Rafaelem spolupracuji s postupujícím časem stále intenzivněji, přičemž je to spolupráce pro mne velmi pozitivní a inspirující. Jsme velmi rádi, že takového mladého a perpektivního vědce u nás máme.”
Pana doktora jsme se zeptali:
Proč jste se nyní pustil právě do Aplikované informatiky?
Tento obor tematicky navazuje na moje předchozí doktorské studium na Farmaceutické fakultě Univerzity Karlovy, během něhož jsem se snažil propojit různé metody počítačové chemii a chemometrie s hledáním nových léčiv proti tuberkulóze. Na pár let jsem pak tuto přírodovědeckou činnost opustil a vrátil se k ní až roku 2012, kdy jsem začal pracovat ve Fakultní nemocnici Hradec Králové v Centru biomedicínského výzkumu jako analytik. Ukázalo, že různé simulace a počítačové techniky mohou být pro nás velice užitečné. V roce 2013 byl díky prof. Kamilovi Kučovi navázán vztah s Fakultou informatiky a managementu. Všichni jsme pochopili, že bychom mohli dobře spolupracovat na řadě témat. Na FIMu UHK se právě otevřel obor Aplikovaná informatika a já se na tento postgraduální obor přihlásil. Studium mi umožňuje komunikovat se specialisty na problematiku, v které nemám dostatek zkušeností a být v podnětném prostředí, které reflektuje aktuální situaci v oblasti informatiky.
Jak byste zhodnotil svou účast na konferenci v Madridu?
V září letošního roku jsem se v Madridu zúčastnil 7. mezinárodní konference o technologiích a aplikacích počítačové inteligence, kde jsem ve speciální sekci zaměřené na biomedicínu přednesl svůj příspěvek o paralelizovaném flexibilním molekulárním dockingu s využitím výkonným počítačových klastrů. Tato práce pojednává o počítačové technice, pomocí níž je možné simulovat interakce mezi léčivem a zvoleným biologickým receptorem. Ve své práci jsem představil a porovnal dvě řešení, jak provést účinně molekulární docking s využitím superpočítače. K simulacím jsem si vybral chemickou látku, která patří mezi kandidáty na léčivo Alzheimerovy nemoci. Velkou část práce jsem však prováděl vzdáleně z Brazilského Lavras, kde jsem tehdy na Katedře počítačové chemie Federální Univerzity Lavras pracoval na dalším projektu. Po několika týdnech vznikla práce, která může být vodítkem pro další vědce, kteří se zabývají počítačovým vývojem léčiv.
Jak jste se k tomuto tématu dostal a jak se vám pracuje v kolektivu?
Každý výzkum se opírá o úžasnou síť poznatků, ke kterým dospěly různé skupiny lidí v rozličných dobách a zeměpisných polohách. Příspěvek, který jsem prezentoval na konferenci v Madridu, je z velké části postaven na pracích Dr. Olega Trotta a Dr. Xiaohua Zhanga. Úkolem a potěšením, který jsem si sám zvolil, bylo porozumět počítačovým programům těchto dvou vědců. Nejtěžší úkol ale byl všechny výsledky logicky utřídit, popsat a vyjádřit je písemně ve formě odborného textu. Ačkoli se tato práce vztahuje k velmi důležité problematice vývoje nových léčiv, vzniklá publikace je jen velice nepatrným dílkem v mozaice celosvětového vědeckého výzkumu. Na této publikaci jsem pracoval během dubnových večerů na mé stáži v Brazílii. Svoje nápady jsem konzultoval s prof. Teodoricem Ramalhem, prof. Tanosem Francou a svým školitelem prof. Kamilem Kučou. Všichni jsou odborníky na určitou oblast chemie, a pro mě bylo radostí s nimi o své práci diskutovat, sdílet myšlenky, nápady a pocity. Práce v kolektivu je pro mě významnou hodnotou, která mě naplňuje a motivuje k dalšímu posunu. Vedle práce v týmu je pro mě také důležitá potřeba rozmýšlet o věcech o samotě. Výsledkem pak často bývá, že chodím pozdě na pracovní schůzky.
Jste doktorandem, na čem nyní pracujete a čeho byste chtěl dosáhnout? Vize…
Moje práce se stále dotýka hraniční oblasti mezi lékařskou chemií a informatikou. V současné době se zabývám tématy, jako je využití grafických karet pro molekulární dynamiku, cloudová řešení pro virtuální screening léčiv, statistické metody pro modelování vztahů mezi strukturou a aktivitou bioaktivních látek. Někdy mám zvyk klást si při své práci velmi náročné cíle, jindy mi stačí, když si přečtu aspoň jednu publikaci nebo kapitolu v knize. Teď jsem zrovna ve fázi, kdy bych rád přeorganizoval svůj pracovní rytmus a začal řešit svoje úkoly více sekvenčně než paralelně. Tím myslím, že se chci zaměřit spíše na méně věci a dělat je popořádku. Konkrétní vizi, kam bych to chtěl ve vědě dotáhnout, ale nemám. Každý den se snažím dělat něco, co má smysl, a hlavně dávám pozor, aby se věda nestala tím nejdůležitějším v mém životě. Studium i vědecká činnost má pro mě vysokou cenu, ale oboje musí být prováděno moudře, aby se prostředky nestaly cílem.
Mnozí si vědu a bádání spojují s nekonečným sezením nad knihami a pomalu se rodícími výsledky. Je to pravda, nebo ne..?
Věda je opravdu hodně o čtení knih, odborných článků, a zvláště pak o psaní vlastních prací. Pokud vědec nechce skončit pod průměrem, musí stále objevovat nové náhledy a sdělovat je písemně i ústně druhým. V oblasti vědy se publikuje obrovské množství informací, ale kvalitní výsledky se skutečně rodí pomalu. Hodně záleží, jak se vědec ke své práci staví. Pokud je pro něj jen zdrojem příjmů a uznání, většinou se kvalita práce pomalu propadá, až po ní zůstanou jen kvantitativní stíny v podobě různých publikačních a citačních indexů. Takové publikace se mohou množit velmi rychle. Když vědec neprodává kvantitu místo kvality, má to v životě komplikovanější, ale na druhou stranu může být šťastnější z toho, že jedná správně.
Když nebádáte, co děláte ve volném čase?
Volného času mám bohužel čím dál tím méně. Ale snažím se ho co nejlépe využívat. Část věnuji hudbě, část sportu, část procházkám v přírodě a něco také nechávám samozřejmě četbě všemožné literatury od beletrie až po filosofické a teologické traktáty. Mám slabost pro barokní hudbu, a to vokální i instrumentální. Např. skladby Vivaldiho a Bacha si vybírám nejčastěji, když hledám nějaký myšlenkový rozptyl. Když mám možnost, s chutí si zazpívám ve sboru skladby Mozarta a Beethovena. Rád také zajdu na koncert anebo do kina na dobrý film.
Děkujeme, ať se vám daří ve všech oblastech vašeho života.
Redakce